Dado a complexidade de sua patofisiologia ainda não compreendida, o tratamento da SII pode ser desafiador. Em termos nutricionais, diversos artigos demonstram melhora dos sintomas com a dieta low FODMAP, a qual pode ser mais explorada em outro artigo, mas para termos explicativos, se trata de uma dieta feita em três fases: exclusão dos alimentos, seguida de reintrodução e manutenção. Os alimentos a serem excluídos são os ricos em monossacarídeos, dissacarídeos e oligossacarídeos fermentáveis e polióis. Essa dieta demonstra uma melhora significativa nos sintomas dos indivíduos que sofrem com a patologia. Além disso, o uso de probióticos, em especial os Lactobacillus, Bifidobacterium e Bacillus tem se demonstrado eficaz.
É notável que mais estudos precisam ser feitos para que o tratamento dessa condição continue a evoluir a fim de alcançar níveis cada vez mais eficazes, especialmente porque a SII diminui drasticamente a qualidade de vida dos indivíduos.